# # Data columns: 1-6, Absolute values # Color scheme: Orange-to-Blue with cutoff=5000 # # These data were derived from GEO entry GSE71562 submitted by von Wulffen et al Genes 8:3 2017. # "Rapid Sampling of Escherichia coli After Changing Oxygen Conditions Reveals Transcriptional Dynamics" # This file was created by averaging the replicates in GSE71562, then normalizing # using the TPM (Transcripts per Kilobase Million) approach. Genes that had zero counts in # more than 15% of the samples were removed from further analysis; in addition, two # genes (ssrA and rnpB) with high expression values that compressed the scales of two # Dashboard panels were removed: ssrA and rnpB. # Finally, we deleted all genes whose expression level did not meet the following criteria: # changes by more than a factor of two between two data points, and whose p-value <= .005. # # T0: Samples taken under anaerobic conditions, then aeration with O2 begins. # T0.5: Samples taken at 0.5 minutes after aeration begins # T1: Samples taken at 1 minute after aeration begins # T2: Samples taken at 2 minutes after aeration begins # T5: Samples taken at 5 minutes after aeration begins # T10: Samples taken at 10 minutes after aeration begins # $ID T0 T0.5 T1 T2 T5 T10 abrB 18 12 9 7 7 7 aceA 754 742 903 1299 2510 2713 aceB 1157 1181 1657 2108 3073 2624 aceE 243 237 507 1762 4561 3797 aceF 205 194 225 297 2938 3004 aceK 81 73 83 106 245 285 ackA 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